Praktikum 2:
Analisis Molekuler dan Bioinformatika Dasar

Bramadi Arya, S.Si., M.Biotech
Biologi Molekuler II · Pertemuan 14

Program Studi S1 Ilmu Biomedis
Universitas Syedza Saintika

Sasaran pertemuan

Pertemuan 14 · Interpretasi data qPCR dan analisis sekuens secara in silico

Sub-CPMK 10 dan 16: menganalisis data eksperimen molekuler dan mengintegrasikan pengetahuan biologi molekuler dalam kerja analisis.

Tujuan praktikum

  • Menganalisis dan menginterpretasi data qPCR (metode delta-delta Ct)
  • Mengambil dan menyelaraskan sekuens dari basis data publik
  • Merancang primer sederhana secara in silico
  • Menghubungkan hasil analisis dengan konsep molekuler yang telah dipelajari

Bagian A: analisis data qPCR

Langkah interpretasi:

  1. Catat nilai Ct gen target dan gen referensi untuk tiap sampel
  2. Hitung delta-Ct (target dikurangi referensi)
  3. Hitung delta-delta Ct terhadap kelompok kontrol
  4. Hitung ekspresi relatif dengan 2 pangkat negatif delta-delta Ct
  5. Tafsirkan: nilai di atas 1 berarti naik, di bawah 1 berarti turun

Membaca hasil secara kritis

  • Periksa kontrol negatif: harus tidak teramplifikasi
  • Periksa kurva melting: satu puncak berarti produk spesifik
  • Perhatikan pengulangan: konsistensi antar ulangan
  • Jangan menyimpulkan perbedaan tanpa dasar statistik

Angka ekspresi hanya bermakna bila kontrol dan pengulangan mendukungnya.

Bagian B: pengambilan sekuens

  • Akses basis data publik seperti NCBI GenBank
  • Cari gen atau sekuens target, unduh dalam format FASTA
  • Catat nomor aksesi untuk keterlacakan
  • Simpan sekuens secara rapi untuk analisis berikutnya

Kegiatan ini melatih literasi data yang penting bagi kerja diagnostik dan riset.

Bagian C: penyelarasan dan BLAST

  • Gunakan BLAST untuk mencocokkan sekuens dengan basis data
  • Interpretasi hasil: identitas, panjang penyelarasan, nilai signifikansi
  • Penyelarasan berganda untuk membandingkan beberapa sekuens dan melihat variasi
  • Kaitkan variasi dengan kemungkinan perbedaan galur atau varian

Bagian D: desain primer sederhana

Prinsip dasar primer yang baik:

  • Panjang umumnya 18 sampai 24 nukleotida
  • Kandungan GC seimbang (sekitar 40 sampai 60 persen)
  • Suhu leleh (Tm) pasangan primer serupa
  • Hindari struktur sekunder dan dimer primer
  • Uji spesifisitas terhadap basis data

Gunakan peranti daring untuk membantu perancangan dan pengecekan.

Menghubungkan semuanya

  • Data qPCR, sekuens, dan primer adalah tiga sisi kerja molekuler nyata
  • Kemampuan menafsirkan data sama pentingnya dengan menghasilkannya
  • Keterampilan ini menjadi bekal untuk penelitian dan penyusunan kajian ilmiah

Laporan praktikum

Laporan minimal memuat:

  • Tujuan dan prinsip singkat tiap bagian
  • Tabel data qPCR dan perhitungan ekspresi relatif
  • Nomor aksesi sekuens dan hasil BLAST
  • Rancangan primer beserta parameternya
  • Pembahasan dan kesimpulan yang mengaitkan hasil dengan teori

Rujukan: panduan praktikum program studi; dokumentasi NCBI dan peranti desain primer daring.

Terima kasih